Ο Αμυγδαλόλακκος είναι οικισμός στο βορειοδυτικό τμήμα του νομού Λασιθίου, προς τις ακτές του Κρητικού Πελάγους. Βρίσκεται κοντά στον παράκτιο επαρχιακό δρόμο Νεαπόλεως-Αγίου Αντωνίου, σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 230. Απέχει 27 χλμ. περίπου ΒΔ. του Αγίου Νικολάου.[4][5][6][7]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1925 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Λατσίδας του νομού Λασιθίου. Το 1927 προσαρτήθηκε στην κοινότητα Αγίου Αντωνίου. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Αγίου Αντωνίου και προσαρτήθηκε στον δήμο Νεαπόλεως. Με το ΦΕΚ 874Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Νεαπόλεως και προσαρτήθηκε στον δήμο Αγίου Νικολάου.[3]