Το Κύπελλο Ελλάδας πόλο ανδρών της περιόδου 2002–03 ήταν το 25ο στην ιστορία του θεσμού. Δικαίωμα συμμετοχής είχαν όλες οι ομάδες της Α1 και της Α2 (24 ομάδες συνολικά). Συγκεκριμένα, οι 12 ομάδες της Α2 2002-03, οι δύο ομάδες που κέρδισαν την άνοδο από την Α2 2001-02 στην Α1 2002-03, καθώς και οι δύο ομάδες που κατέλαβαν τις θέσεις 9 και 10 στην Α1 2001-02 ξεκίνησαν από την α΄ φάση της διοργάνωσης. Οι οκτώ πρώτες ομάδες του πρωταθλήματος Α1 2001-02 εισήλθαν στη διοργάνωση κατά τη β΄ φάση. Αυτή ήταν η τελευταία διοργάνωση κυπέλλου κατά την οποία διεξήχθησαν διπλές αναμετρήσεις στα πλαίσια κάποιας φάσης (συγκεκριμένα διαξήχθησαν διπλές αναμετρήσεις στα πλαίσια των προημιτελικών). Η τελική φάση διεξήχθη στη Χίο στις 8 και 9 Φεβρουαρίου 2003. Κυπελλούχος αναδείχθηκε ο Ολυμπιακός.